1、非编码RNA（miRNA、lncRNA及circRNA）在植物发育和抗逆过程中的作用机制，包括非编码RNA的挖掘、鉴定和功能验证；非编码RNA和转录因子的互作及可变剪接事件研究；非编码RNA在作物改良中的应用研究。 2、植物天然产物和环境的互作关系，以及高含量有益代谢物的代谢工程。