南方红豆杉（Taxus chinensis var. mairei）为红豆杉科（Taxaceae）红豆杉属（Taxus）常绿乔木，是我国资源量相对较大，分布较广的特有物种。南方红豆杉集药用、材用和观赏价值于一身，被列为一级重点保护野生植物。

该物种的假种皮有三种不同的颜色。然而，颜色形成的机制尚不清楚。我们对不同发育阶段的红色（RTM）、黄色（YTM）和紫色（PTM）假种皮的基因表达和代谢物浓度进行了系统的分析。 共鉴定出266种黄酮类化合物和35种类胡萝卜素。 在YTM中鉴定出的主要色素是表儿茶素和β-隐黄质，而在PTM中起关键作用的是花青苷-3,5-二葡萄糖苷。 在不同颜色的假种皮中观察到了HCT、DFR、LAR、ANS、crtB、NCED和CCoAOMT等基因的显著差异表达。随着黄色假种皮的逐渐成熟，HCT的上调与表儿茶素的积累密切相关。DFR、LAR和ANS表达的降低似乎抑制了葡萄糖苷的产生。crtB表达的降低和NCED表达的增加可能调节了类胡萝卜素的积累。同时，β-隐黄质的积累似乎受到NCED的正向影响。随着假种皮变紫，CCoAOMT表达量的降低似乎有助于合成芸香苷。    DFR的显著上调促进了二葡萄糖苷的合成。此外，MYBs的过表达可能在调节不同颜色浆果的形成方面发挥重要作用。随后我们共选择了14个基因进行qRT-PCR验证，结果表明转录组序列数据的可靠性。我们的发现可为南方红豆杉资源的分子育种、发育和应用提供有价值的见解。

南方红豆杉（Taxus chinensis var. mairei）为红豆杉科（Taxaceae）红豆杉属（Taxus）常绿乔木，是我国资源量相对较大，分布较广的特有物种。南方红豆杉集药用、材用和观赏价值于一身，被列为一级重点保护野生植物。

该物种的假种皮有三种不同的颜色。然而，颜色形成的机制尚不清楚。我们对不同发育阶段的红色（RTM）、黄色（YTM）和紫色（PTM）假种皮的基因表达和代谢物浓度进行了系统的分析。 共鉴定出266种黄酮类化合物和35种类胡萝卜素。 在YTM中鉴定出的主要色素是表儿茶素和β-隐黄质，而在PTM中起关键作用的是花青苷-3,5-二葡萄糖苷。 在不同颜色的假种皮中观察到了HCT、DFR、LAR、ANS、crtB、NCED和CCoAOMT等基因的显著差异表达。随着黄色假种皮的逐渐成熟，HCT的上调与表儿茶素的积累密切相关。DFR、LAR和ANS表达的降低似乎抑制了葡萄糖苷的产生。crtB表达的降低和NCED表达的增加可能调节了类胡萝卜素的积累。同时，β-隐黄质的积累似乎受到NCED的正向影响。随着假种皮变紫，CCoAOMT表达量的降低似乎有助于合成芸香苷。    DFR的显著上调促进了二葡萄糖苷的合成。此外，MYBs的过表达可能在调节不同颜色浆果的形成方面发挥重要作用。随后我们共选择了14个基因进行qRT-PCR验证，结果表明转录组序列数据的可靠性。我们的发现可为南方红豆杉资源的分子育种、发育和应用提供有价值的见解。