微卫星标记被广泛应用于群体遗传分析。然而，无效等位基因的常见现象及其对观察杂合度、遗传分化系数等群体参数的影响还需要解决。利用基于原始和重新设计的引物的两个微卫星数据集，我们评估了无效等位基因对南方红豆杉群体遗传分析的影响。当用原始引物集扩增时，两个位点都显示出空等位基因的存在。4个种群由于杂合子缺陷而显著偏离哈代-温伯格平衡。一旦使用新的引物消除了无效等位基因，几乎所有的种群都处于哈迪-温伯格平衡状态。平均观察杂合度值（He）从He = 0.197增加到He = 0.497，而固定指数（FIS）从FIS = 0.566下降到FIS =−0.060。新引物（FST = 0.221）比新引物（FST = 0.150）群体间的遗传分化（FST）更明显。

微卫星标记被广泛应用于群体遗传分析。然而，无效等位基因的常见现象及其对观察杂合度、遗传分化系数等群体参数的影响还需要解决。利用基于原始和重新设计的引物的两个微卫星数据集，我们评估了无效等位基因对南方红豆杉群体遗传分析的影响。当用原始引物集扩增时，两个位点都显示出空等位基因的存在。4个种群由于杂合子缺陷而显著偏离哈代-温伯格平衡。一旦使用新的引物消除了无效等位基因，几乎所有的种群都处于哈迪-温伯格平衡状态。平均观察杂合度值（He）从He = 0.197增加到He = 0.497，而固定指数（FIS）从FIS = 0.566下降到FIS =−0.060。新引物（FST = 0.221）比新引物（FST = 0.150）群体间的遗传分化（FST）更明显。