微卫星标记是由串联排列的简单序列重复（SSR）的多个拷贝组成，其大小范围为1至6个碱基对。SSR广泛分布于花鲈的基因组中（图1），均匀地分布在基因组中的所有染色体和染色体的所有区域上，包括了编码区和非编码区。

根据SSR核心序列排列方式的不同，可将微卫星分为3种类型： ①完全型(perfect)。指核心序列以不间断的重复方式首尾相连构成的DNA。如： ATATATATATATATATATATATATATATATATAT。②不完全型(imperfect)。指在SSR的核心序列之间有3个以下的非重复碱基,但两端的连续重复核心序列重复数大于3。如：ATATATATGGATATATATATCGATATATATATATATATGGATATATATAT。③复合型(compound)。指2个或2个以上的串联核心序列由3个或3个以上的连续的非重复碱基分隔开,但这种连续性的核心序列重复数不少于5。如：ATATATATATATATGGGATATATATATATA。

通过对其两侧保守的单拷贝序列设计引物，经PCR扩增，采用银染、毛细管电泳等方法检测其多态性。微卫星多态性的基础是核心序列重复次数的高度变异。因高多态性、高重复性、操作简单、对模板DNA的质量要求低、共显性遗传等优势，微卫星标记可应用于花鲈的群体遗传学分析，亲缘关系鉴定、评估花鲈种质资源、指导花鲈的人工繁殖等等。

图1微卫星在花鲈基因组的分布情况。

图2微卫星在鱼类亲缘关系鉴定中的原理。

微卫星标记是由串联排列的简单序列重复（SSR）的多个拷贝组成，其大小范围为1至6个碱基对。SSR广泛分布于花鲈的基因组中（图1），均匀地分布在基因组中的所有染色体和染色体的所有区域上，包括了编码区和非编码区。

根据SSR核心序列排列方式的不同，可将微卫星分为3种类型： ①完全型(perfect)。指核心序列以不间断的重复方式首尾相连构成的DNA。如： ATATATATATATATATATATATATATATATATAT。②不完全型(imperfect)。指在SSR的核心序列之间有3个以下的非重复碱基,但两端的连续重复核心序列重复数大于3。如：ATATATATGGATATATATATCGATATATATATATATATGGATATATATAT。③复合型(compound)。指2个或2个以上的串联核心序列由3个或3个以上的连续的非重复碱基分隔开,但这种连续性的核心序列重复数不少于5。如：ATATATATATATATGGGATATATATATATA。

通过对其两侧保守的单拷贝序列设计引物，经PCR扩增，采用银染、毛细管电泳等方法检测其多态性。微卫星多态性的基础是核心序列重复次数的高度变异。因高多态性、高重复性、操作简单、对模板DNA的质量要求低、共显性遗传等优势，微卫星标记可应用于花鲈的群体遗传学分析，亲缘关系鉴定、评估花鲈种质资源、指导花鲈的人工繁殖等等。

图1微卫星在花鲈基因组的分布情况。

图2微卫星在鱼类亲缘关系鉴定中的原理。