肌肉由内到外控制着运动。各种不同类型的肌肉执行多种多样的任务，但却以相似的方式工作着。电位变化指导肌肉收缩和舒张。
骨骼肌 （skeletal muscle）
骨骼肌又叫随意肌（voluntary muscle），附着于骨上，是运动的动力部分。运动系统所描述的肌肉就是此类肌肉。骨骼肌既受神经支配，也受意识控制，可完成各种随意运动。马的身上有超过700块不同的骨骼肌。支持骨骼，生成运动
保持关节稳定，保持姿势
控制机体活动范围
保护骨骼和内脏
通过颤栗调节体温
每一块肌肉就是一个肌器官，主要由骨骼肌纤维（肌细胞）构成，此外还有结缔组织、血管和神经。肌器官可分为能收缩的肌腹（muscle belly）和不能收缩的肌腱（muscle tendon）两部分。
肌肉一般都以两端附着于骨或软骨，中间越过一个或多个关节。当肌肉收缩时，肌腹变短，以关节为运动轴，牵引骨发生位移而产生运动。肌肉收缩时，固定不动的一端为起点（origin），引起骨移动的一端为止点（insertion）。起止点的另一种描述为：靠近身体的一端为起点，远离身体的一端的则为止点。
心肌是高度专一、强壮、有横纹的肌肉，并且能够耐疲劳。在马的一生当中，心肌平均每天收缩100,000次，与血液进出心脏的动力相一致。平滑肌是不随意肌（involuntary muscle），不受意识控制，自主发挥功能。平滑肌分布于体内组织和器官，如动脉和静脉血管壁、生殖道、消化道、呼吸道等。平滑肌受自主神经支配，对自主神经受到的刺激作出反应，如传送食物通过消化道。
深层肌肉的功能是保持姿势，维持稳定。深层肌肉直接附着在骨上，靠近关节，经常有多个起点和止点。深层肌肉通常负责支持单个关节，如臀深肌只影响髋关节（hip joint）。深层肌肉包含大量神经末梢（nerve endings），所以对姿势排列（postural alignment）更为敏感。
浅层肌肉位于深层肌肉和皮肤之间。尽管浅层肌肉大小、形状各异，但可笼统地被归类为运动肌肉（movement muscles）。有的浅层肌肉粗壮，如臀浅肌（superficial gluteal muscles），肩高160cm的马的臀浅肌约为25cm粗。有的浅层肌肉单薄，如腹斜肌（abdominal oblique muscles），覆盖整个腹部，并参与肋的运动以及后肢的弯曲和伸展。我们能在浅层肌肉的表面能感受到肌肉的紧张、发热和肿胀。浅层肌肉也很容受到辅助治疗（complementary therapy）的影响，如按摩、磁疗和拉伸。Higgins G. 2012. Horse Anatomy for Performance: A Practical Guide to Training, Riding and Horse Care. David&Charles
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