文章信息

原名：Bacterial communities in paddy soil and ditch sediment under rice-crab co-culture system

译名：水稻-蟹共培养体系下水稻土壤和沟渠沉积物中的细菌群落

期刊：Rice

在线发表时间：2021.11.06

通讯作者：徐江

文章亮点

采用高通量测序技术。

研究了水稻土壤和沟渠沉积物中的细菌群落结构。

水稻土壤和沟渠沉积物中最丰富的种是变形杆菌。

细菌群落结构受细菌相对丰度的影响,而不受细菌种类的影响。

01研究背景

作为可持续农业的一种重要形式,水稻( 中华羊绒 共同文化在世界范围内迅速发展。然而,关于该系统不同组成部分的细菌群落的知识有限。本研究采用高通量测序技术,研究了水稻土壤和沟渠沉积物中的细菌群落结构。结果表明,与沟渠沉积物相比,NH的含量较高。 4 -水稻土壤中的氮含量减少了62.31%,APP(有效磷)含量增加了172.02%( P 0.05)。水稻土壤和沟渠沉积物中最丰富的种是 变形杆菌 , 细菌类 和 氯氧乐希 ,其相对丰度超过65%。在优势属中,未培养细菌属的相对丰度 螺旋藻科 一种未培养的细菌属 扁豆科 在水稻中,土壤明显低于沟渠沉积物( P 0.05)。α多样性表明水稻土壤和沟渠沉积物的细菌多样性相似。细菌群落结构受细菌相对丰度的影响,而不受细菌种类的影响。冗余分析(RDA)表明,水稻土壤和沟渠沉积物中的细菌群落与物理化学性质相关。研究结果表明,在水稻-螃蟹共培养条件下,水稻土壤和沟渠沉积物的细菌群落结构明显不同,可能是由于它们的管理模式不同。这些结果为提高水稻共同培养技术水平提供了理论依据。

02研究方案

本研究采用高通量测序技术,研究了水稻土壤和沟渠沉积物中的细菌群落结构。

03研究结果

总之,在水稻-蟹共培养体系下,水稻和沟渠的物理化学性质得到了分化,这可能是由于在该体系的两个部分中,不同的管理方法对细菌种类影响不大。然而,细菌群落结构受细菌相对丰度的影响,而不受细菌种类的影响。本研究首次明确了水稻土壤和沟渠沉积物的物理化学性质和细菌群落的区别,只是初步的探索。还需要进一步研究细菌群落对环境、水稻和共培养动物的影响,为优化共培养技术提供参考。

A total of 75,024 CCS sequences were obtained from 6 samples. Each sample generated 9913 CCS sequences at least, with an average of 12,504 CCS sequences and an average length of 1456 bp. As shown in Fig. 1, the rarefaction curves gradually flattened as the number of sample sequences increased, which was indicating that data obtained by sequencing covered most of the bacterial species from the samples.

Alpha diversity reflects the species abundance and diversity of the sample. The species abundance was measured by Chao1 and Ace indices. The number of species and diversity was measured by the Shannon and Simpson indices. As shown in Table 2, ACE, Chao1, Simpson and Shannon indexes of ditch sediment were 8.36%, 10.77%, 1.01% and 5.05% higher than those of paddy soil. But, there was no significant difference among them (P > 0.05), which indicated that the bacterial diversity was similar between the ditch sediment and paddy soil. The community heatmap at the genus level showed that all samples clustered into two clusters of paddy soil and ditch sediment (Fig. 2).

03研究结论

研究了水稻-克拉布共培养体系下水稻土壤和沟渠沉积物的优势种和物理化学性质。由于缺乏重要的解释,贸易点被取消了。结果表明,生物门内环境因子的解释率为81.46%。如图所示。  8 , NH 4 -N与 细菌类 和 伤寒菌 ,以及与 变形杆菌 , 酸性菌 和 弯曲杆菌属 .TN、AP和A与 酸菌属 和 弯曲杆菌属 ,以及与 细菌类 和 伤寒菌 .

原文链接：https://amb-express.springeropen.com/articles/10.1186/s13568-021-01323-4

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原名：Bacterial communities in paddy soil and ditch sediment under rice-crab co-culture system

译名：水稻-蟹共培养体系下水稻土壤和沟渠沉积物中的细菌群落

期刊：Rice

在线发表时间：2021.11.06

通讯作者：徐江

文章亮点

采用高通量测序技术。

研究了水稻土壤和沟渠沉积物中的细菌群落结构。

水稻土壤和沟渠沉积物中最丰富的种是变形杆菌。

细菌群落结构受细菌相对丰度的影响,而不受细菌种类的影响。

01研究背景

作为可持续农业的一种重要形式,水稻( 中华羊绒 共同文化在世界范围内迅速发展。然而,关于该系统不同组成部分的细菌群落的知识有限。本研究采用高通量测序技术,研究了水稻土壤和沟渠沉积物中的细菌群落结构。结果表明,与沟渠沉积物相比,NH的含量较高。 4 -水稻土壤中的氮含量减少了62.31%,APP(有效磷)含量增加了172.02%( P 0.05)。水稻土壤和沟渠沉积物中最丰富的种是 变形杆菌 , 细菌类 和 氯氧乐希 ,其相对丰度超过65%。在优势属中,未培养细菌属的相对丰度 螺旋藻科 一种未培养的细菌属 扁豆科 在水稻中,土壤明显低于沟渠沉积物( P 0.05)。α多样性表明水稻土壤和沟渠沉积物的细菌多样性相似。细菌群落结构受细菌相对丰度的影响,而不受细菌种类的影响。冗余分析(RDA)表明,水稻土壤和沟渠沉积物中的细菌群落与物理化学性质相关。研究结果表明,在水稻-螃蟹共培养条件下,水稻土壤和沟渠沉积物的细菌群落结构明显不同,可能是由于它们的管理模式不同。这些结果为提高水稻共同培养技术水平提供了理论依据。

02研究方案

本研究采用高通量测序技术,研究了水稻土壤和沟渠沉积物中的细菌群落结构。

03研究结果

总之,在水稻-蟹共培养体系下,水稻和沟渠的物理化学性质得到了分化,这可能是由于在该体系的两个部分中,不同的管理方法对细菌种类影响不大。然而,细菌群落结构受细菌相对丰度的影响,而不受细菌种类的影响。本研究首次明确了水稻土壤和沟渠沉积物的物理化学性质和细菌群落的区别,只是初步的探索。还需要进一步研究细菌群落对环境、水稻和共培养动物的影响,为优化共培养技术提供参考。

A total of 75,024 CCS sequences were obtained from 6 samples. Each sample generated 9913 CCS sequences at least, with an average of 12,504 CCS sequences and an average length of 1456 bp. As shown in Fig. 1, the rarefaction curves gradually flattened as the number of sample sequences increased, which was indicating that data obtained by sequencing covered most of the bacterial species from the samples.

Alpha diversity reflects the species abundance and diversity of the sample. The species abundance was measured by Chao1 and Ace indices. The number of species and diversity was measured by the Shannon and Simpson indices. As shown in Table 2, ACE, Chao1, Simpson and Shannon indexes of ditch sediment were 8.36%, 10.77%, 1.01% and 5.05% higher than those of paddy soil. But, there was no significant difference among them (P > 0.05), which indicated that the bacterial diversity was similar between the ditch sediment and paddy soil. The community heatmap at the genus level showed that all samples clustered into two clusters of paddy soil and ditch sediment (Fig. 2).

03研究结论

研究了水稻-克拉布共培养体系下水稻土壤和沟渠沉积物的优势种和物理化学性质。由于缺乏重要的解释,贸易点被取消了。结果表明,生物门内环境因子的解释率为81.46%。如图所示。  8 , NH 4 -N与 细菌类 和 伤寒菌 ,以及与 变形杆菌 , 酸性菌 和 弯曲杆菌属 .TN、AP和A与 酸菌属 和 弯曲杆菌属 ,以及与 细菌类 和 伤寒菌 .

原文链接：https://amb-express.springeropen.com/articles/10.1186/s13568-021-01323-4